日本建筑專業最好的大學分別是：東京大學、京都大學、早稻田大學、東京工業大學、東京藝術大學等。日本在建筑專業教育方面有著悠久的歷史和卓越的聲譽，其中東京大學是日本乃至全球建筑教育的領軍者。以下是日本建筑專業最好的大學的推薦院校。

　　1、東京大學：自1873年建立日本第一個建筑學科以來，東京大學培養了許多著名建筑師，包括多位普利茲克獎得主，如丹下健三、磯崎新、槇文彥和伊東豐雄等。

　　2、京都大學：與東京大學齊名，是日本頂尖的國立大學之一，其建筑學科也在國際上享有很高的聲譽。

　　3、早稻田大學：早稻田大學的建築學科也是日本建筑專業最好的幾個學校之一，而且早稻田大學的「稲門建築會」是日本建筑界的兩大學派之一。

　　4、東京工業大學：該校以工程技術見長，其建筑學科同樣在國際上有著良好的評價。

　　東京藝術大學：作為日本的最高藝術學府，東京藝術大學的建筑學科屬于美術系，專注于培養建筑家。

　　以上是日本建筑專業最好的大學的推薦院校，除了上述學校，還有信州大學、北海道大學、大阪大學等其他知名大學也提供優質的建筑教育。在選擇日本建筑專業學校時，建議根據個人的興趣和職業規劃來做綜合的評估。